Kuntayhtymällä on hallitus, johon kuuluu yhdeksän (9) jäsentä. Kullakin jäsenellä on henkilökohtainen varajäsen. Perussopimuksen 10 § mukaan yhtymävaltuusto valitsee toimikaudekseen, jollei ole päättänyt lyhyemmästä toimikaudesta, hallituksen, jota kutsutaan yhtymähallitukseksi.
Yhtymähallituksen jäsenet ja varajäsenet nimetään seuraavasti:
Masku: 4 jäsentä ja 4 varajäsentä Mynämäki: 3 jäsentä ja 3 varajäsentä Nousiainen: 2 jäsentä ja 2 varajäsentä
Kullakin jäsenellä on kokouksessa yksi ääni.
Yhtymähallitus valitsee keskuudestaan puheenjohtajan ja kaksi varapuheenjohtajaa. Heidät valitaan jäsenkunnista vuoroperiaatteella asukasluvun mukaisessa järjestyksessä suurimmasta alkaen. Yhtymähallituksen toimikausi on neljä (4) vuotta. Yhtymähallituksen jäsenet ja varajäsenet kaudella 1.8.2021-31.5.2025 :
| Jäsen | Puolue | Varajäsen | Kunta |
| Antti Airikki pj | KESK | Matti Anttila | Nousiainen |
| Jyrki Alastalo I vpj | PS | Päivi Pöyhönen | Masku |
| Aappo Kontu II vpj | KESK | Päivi Maisila | Mynämäki |
| Mauri Ikonen | KESK | Touko Nikkarla | Masku |
| Piia Kyynäräinen | SDP | Olavi Hillgren | Masku |
| Marita Pettersson | KOK | Esko Lehtonen | Mynämäki |
| Satu Raikunen | KOK | Aki Simola | Masku |
| Sari Rantanen | KOK | Tiina Kankare | Nousiainen |
| Markus Salin | PS | Lasse Hurme | Mynämäki |
Yhtymähallituksen esittelijä on kuntayhtymän johtaja. Yhtymähallituksen kokouspäivät vuonna 2021 ovat
| 25.8.2021 | Keskiviikko |
| 15.9.2021 | Keskiviikko |
| 29.9.2021 | Keskiviikko |
| 20.10.2021 | Keskiviikko |
| 17.11.2021 | Keskiviikko |
| 15.12.2021 | Keskiviikko |
Kokoukset pidetään Nousiaisten Henrikin yhtenäiskoulun auditoriossa, osoitteessa Moisiontie 16 Nousiainen, ellei kokouskutsussa toisin mainita.