Kuntayhtymällä on hallitus, johon kuuluu yhdeksän (9) jäsentä. Kullakin jäsenellä on henkilökohtainen varajäsen. Jäsenkuntien valtuustot valitsevat tasa-arvolain mukaisesti hallituksen jäsenet ja varajäsenet niin, että kokoonpano vastaa jäsenkuntien valtuustoissa edustettuina olevien eri ryhmien viimeksi toimitetuissa kuntavaaleissa saamaa ääniosuutta kuntayhtymän alueella kuntavaaleissa säädetyn suhteellisuusperiaatteen mukaisesti. Yhtymähallituksen jäsenet ja varajäsenet nimeää osakaskunnan kunnanvaltuusto seuraavasti:
Masku: 4 jäsentä ja 4 varajäsentä Mynämäki: 3 jäsentä ja 3 varajäsentä Nousiainen: 2 jäsentä ja 2 varajäsentä
Jokaisella on käytössään yksi ääni. Yhtymähallitus valitsee keskuudestaan puheenjohtajan ja kaksi varapuheenjohtajaa. Heidät valitaan jäsenkunnista vuoroperiaatteella asukasluvun mukaisessa järjestyksessä suurimmasta alkaen. Yhtymähallituksen toimikausi on neljä (4) vuotta. Yhtymähallituksen jäsenet ja varajäsenet ovat kaudella 2017-2021 seuraavat:
| Jäsen | Puolue | Varajäsen | Kunta |
| Päivi Maisila, puheenjohtaja | KESK | Pekka Myllymäki | Mynämäki |
| Antti Airikki I vpj | KESK | Juha Vyyryläinen | Nousiainen |
| Aki Simola II vpj | KOK | Olavi Hillgren | Masku |
| Jyrki Alastalo | PS | Jyrki Koivukangas | Masku |
| Anne Laiho-Hongisto | VAS | Liisa-Hellevi Rantanen | Nousiainen |
| Jaana Lehtilä | SDP | Hanna Lehtilä | Masku |
| Esko Lehtonen | KOK | Esa Kari | Mynämäki |
| Tuula Toivonen | SDP | Vilhelmiina Eriksson-Tolkki | Mynämäki |
| Pertti Veräjänkorva | KESK | Touko Nikkarla | Masku |
Yhtymähallituksen esittelijä on kuntayhtymän johtaja. Yhtymähallituksen kokouspäivät vuonna 2021 ovat
| Keskiviikko | 27.1.2021 |
| Keskiviikko | 24.2.2021 |
| Keskiviikko | 17.3.2021 |
| Keskiviikko | 21.4.2021 |
| Keskiviikko | 19.5.2021 |
| Keskiviikko | 9.6.2021 |
| Keskiviikko | 25.8.2021 |
| Keskiviikko | 15.9.2021 |
| Keskiviikko | 29.9.2021 |
| Keskiviikko | 27.10.2021 |
| Keskiviikko | 17.11.2021 |
| Keskiviikko | 15.12.2021 |
Kokoukset pidetään Moision vanhainkodin Henriikka-salissa, osoite: Moisiontie 18, Nousiainen, ellei toisin mainita.